国立病院機構のリハビリテーション部門は結核、感染症、がん、循環器病、重症心身障害、筋ジストロフィー、神経難病などの広範囲な疾患を対象にリハビリテーション医療を提供しています。リハビリテーションはオーダーメイド医療を理念に、患者さん一人ひとりの特別な要望・要求を満たすため、効果的できめ細かなリハビリテーションサービスを提供できるよう理学療法士・作業療法士・言語聴覚士がチームとなって治療に専念します。そして障害を持つ総ての人々の QOL向上を目指し、日々努力しています。
さらに、各病院で構築したリハビリテーション技術を、病院ネットワークを活用して、急性期から慢性期、新生児から老人までと多種多様な患者さんに最適なリハビリテーションサービスが提供できるよう、情報交換や技術交流に力を入れています。

理学療法士や作業療法士には現段階では資格以外に認定制度が整備されていません。しかし、知識技術の進歩は著しく日々の研鑽が必須となっています。
リハビリテーション部門の研修には、国立理学療法士協議会や国立作業療法士協議会が主催している研修会や国立病院機構本部や各ブロック事務所が主催する研修会などがあり、それらに率先して参加しています。
さらに職能団体の日本理学療法士協会や日本作業療法士協会主催の学術大会や全国研修会、各都道府県単位での研修会に積極的に参加出来るように環境を整えています。研修会参加後は職場での情報の共有を図るため、科内で伝達講習会や勉強会を行っています。